Çivi çıkar ama yeri kalır atasözü, birine verilen zararın sonradan onarılsa bile hafızada ve gönülde iz bırakacağını anlatır. Kırılan güven, söylenen ağır söz ya da yapılan haksızlık düzeltilse bile ilk acının etkisi bütünüyle silinmez.
Bu söz genellikle insanları düşünmeden davranmamaları için söylenir. Özellikle yakın ilişkilerde, özür dilemek ya da hatayı gidermek önemli olsa da her yaranın hemen kapanmadığını hatırlatır. Günlük hayatta dostluklarda, aile içinde ve iş ortamında sıkça karşılık bulur. Atasözündeki çivi, açılan incinmeyi; geride kalan iz ise unutulmayan kırgınlığı düşündürür. Bu yüzden söz söylemeden önce sonucu tartmak gerektiğini öğütler.
Çivi çıkar ama yeri kalır atasözü için örnek kullanım:
Kerem, öfkeyle arkadaşına herkesin içinde ağır sözler söyledi. Ertesi gün özür dileyip gönlünü almaya çalışınca dedesi çivi çıkar ama yeri kalır diyerek kırgınlığın kolay silinmediğini anlattı.